오바마 대통령은 박근혜 대통령과의 정상회담 후 공동기자회견에서 “박 대통령에게 (내가) 유일하게 요청한 것은 우리는 중국이 국제규범과 법을 준수하기를 원한다는 것”이라며 “만약 중국이 그런 면에서 실패한다면 한국이 목소리를 내야 한다”고 말했다. 이는 남중국해 문제에 대한 한국 정부의 보다 분명한 입장 표명과 적극적인 역할을 우회적으로 요구한 것이라는 해석이 나왔다.
윤 장관은 그러나 19일 국회 외교통일위원회 전체회의에서 오바마 대통령의 발언과 관련, “남중국해의 ‘남’자도 나오지 않았다. 일부 언론이 잘못 해석한 것”이라고 반박했다. 외교부 노광일 대변인도 20일 정례브리핑에서 “오바마 대통령의 발언은 원칙적 차원에서 중국의 국제규범 준수 필요성을 강조하는 취지로 이를 확대할 필요는 없다고 본다”고 밝혔다. 오바마 대통령의 발언을 남중국해 문제와 연계하는 언론 보도에 대해서도 “그것은 언론의 해석일 것”이라며 “외교부 대변인인 제가 그 해석에 대해서 뭐라고 얘기할 수 있는 입장은 아닌 것 같다”라고 했다.
이런 탓에 이날 윤 장관의 남중국해 관련 발언이 논란을 일으키자 정부 고위당국자가 기자들과 만나 해명했다. 윤 장관이 연설문을 읽는 과정에서 ‘했다고’라는 석자를 빠뜨리고 읽어 발생한 실수라는 설명이었다. 그는 “오바마 대통령이 남중국해 문제에 대해 언급‘했다고’ 한 것을 두고 다양한 해석이 제기되고 있다”고 적혔지만, 윤 장관이 스스로 원고를 수정해 읽는 과정에서 ‘했다고’를 빠뜨렸다”고 말했다.
윤 장관은 이날 ‘한국 중장기 외교전략의 평가 및 발전방향’을 주제로 열린 콘퍼런스 기조연설에서 남중국해 문제에 대해 우리 정부의 입장을 밝혀왔다는 점을 강조했다. “남중국해 문제는 비단 동아시아 다른 국가들의 이해관계뿐 아니라 한국 입장에서도 많은 경제적 안보적, 다른 측면에서의 이해관계를 갖고 있는 지역”이라며 “그래서 지난 수년간 이 문제에 대한 입장을 분명히 밝혀왔다”는 것이다. 그러면서 “특히 지난 8월초 EAS(동아시아정상회의) 외교장관회담에서 남중국해 문제에 관해 제가 전체 발언에서 상당 부분을 할애해 항해의 자유, 국제규범 준수 등에 대해 과거 어느 때보다 강하고 분명하게 밝힌 데 대해 당시 미측 대표단을 포함한 많은 대표단이 평가한 바 있다”고 강조했다.